分歧杆菌在经过加热和延长染色时间来促进着色。分歧杆菌中的分歧杆酸与染料结合后，很难被酸性脱色剂脱掉颜色，所以才会有了抗酸染色。
结核分枝杆菌对苯胺染料一般不易着色，通过加热或者延长染色时间可以使其着色，然后再用3%盐酸酒精处理后也是容易脱色的，经过染色后，结核分枝杆菌和其他分枝杆菌会呈现红色状态，而非抗酸菌和细胞杂则呈现蓝色状态。
抗酸染色会经过三个步骤：先是初染，然后是脱色，紧接着是复染。
抗酸染色的注意事项
1、每次抗酸染色试剂用完之后，一定要及时盖好盖子，以免挥发。
2、可以通过染色的时间和染色中的加热程度也改善染色的顔色。?
3、染色剂都是对人的皮肤有伤害的，尽量避免与皮肤的接触。可以通过穿实验衣服，佩戴塑料透明眼睛，佩戴手套来保护自己。