《河神》无愧于它的口碑，在最后两集将所有的疑点通过郭得友和连化青的对话都解释清楚了。
关于谁是圣童，从老河神的交代中了解到他当时从魔古道救回2个孩子，一个是男孩郭得友，救他的时候他已经感染病毒，另一个是个女孩，他自己养女孩不方便，便交给了老神婆，这个女孩便是顾影。所以顾影是圣童无疑。郭得友之所以没有毒发，是因为老河神为他配制了泡澡的药，这也是他为什么身体敏感，受不得烟味刺激的原因。
老河神说把顾影带来不仅是让她来救郭得友，更是让她来救整个天津卫。小河神为了阻止连化青的炸弹在水中爆炸将魔古道的病毒传染给整个天津卫，跳入水中去寻找炸弹。受伤的顾影也跳入水中，和郭得友亲密接触后，郭得友身上的病毒迅速退去，而美丽的顾影飘入水中，美的像一朵盛开的花朵。她的血液将整个池水都净化了，保住了天津卫所有人。
郭得友找到炸弹的时候，经过一番纠结，扯下炸弹中的一根线，而这时，镜头归给到于沉寂，响起较为悲伤的音乐。这算是一个开放式结局。
片尾的彩蛋中，回放老河神拿着祭河大典时用的扎好红色绸带的王八给到丁卯，而本片的第一集交代了谁能得到这只王八，谁就能拜在老河神门下。显然，之前对于丁卯拜师没有明确回应的老河神，是决心要收丁卯为徒了。而扎着红色丝绸的王八自带喜感。
从连化青的口述可以看出，炸弹一旦爆炸，能够炸开整个池水，所有人会被炸死，包括他自己，如果郭得友拆对了线，正应了老河神说的那句话：在水里，没人能弄得过你。郭得友身上的毒已解，应该是没事的，唯一担心的就是小神婆，她已经身受重伤，还落入水中，可能“断魂”，看得很心疼。
如果郭得友没有拆对线，所有人都会命丧当场。无论小河神有没有把炸弹拆除掉，顾影的血都已经净化了池水，相信天津卫的人都不会感染病毒的。不过，如果有第二部，郭得友的拆除炸弹一定是成功的。肖秘书长念诵的圣经让肖兰兰自主选择，我想他是不会阻止两个人在一起了。被丁卯打成重伤的连化青，结局也没有交代。
这个有点开放式的结局，显然河神迷们是不愿意接受的，再加上演员的演技、剧情很好，纷纷发弹幕表示希望还有第二季，而且希望是原班人马。